なぜ高い金をかけて作ったシステムで今までExcelで簡単に出来ていたことが出来なくなるのか

うん、気持はよく分かるよ。

例えばフィルターとか超使ってるし、タブをドンドン増やしてハイパーリンクでつないで元データから引っ張ってきて計算して表組みを作成するとかいつもやってるような作業が新システムだと厳しい（＝できないor莫大な時間と金がかかる）らしい・・。帳票は固定になりますね、帳票増やすと増やした分だけ金かかります、みたいな感じ。
エクセルでできることができない何百万のシステム・・

うんうん。なんでそんな不自由になるんだろうね。

シンプルに考えましょう。きちんとシステム化されていないものをシステム化するというのは言いかえると「業務プロセスを必要最小限に絞る」ことだと思って下さい。

何のために作るのか

理由はいくつかあります。ざっと上げてみると

属人化した業務プロセスを標準化する（しかし、ある人にとってはいつもどおりだがある人にとっては今までやってたことが全然できないシステムになることが多い
今までOKだったことをできなくする（あー…間違えちゃった…いいか、ケシケシカキカキなんてことがコンプライアンス上許されなくなってきてたりします
不要な事務手続きや帳票をなくして効率化する
電子データを作ることで外部とのデータの授受を楽にしたり、業務分析を出来るようにする
重要な操作について記録を残す

こういった目的がある場合に、既存のExcelのシステムじゃダメだってことがわかりますよね？

でもさ…帳票の微調整もままならないとかおかしくね？Excelで手作りしてもものの何時間で出来るのに…

うるさいっ！うるさいっ！黙れ黙れ黙れっ！
帳票はシステムの敵っ！完全ペーパーレスを目指せっ！帳票が無いと困るって駄々をこねる奴は死滅しろっ！

…はぁはぁ…取り乱しました…

真面目な話、特にオープンプラットフォームで帳票作るのってわりかしめんどくさい。帳票は見た目が命なので、システムとしてはあまり本質的でない作業が沢山発生するんですよね。ぶっちゃけCSVデータ作ってそれを取込むExcelシート作ったほうが楽だわ。Excelさんマイクロソフトの渾身の業務アプリだけあって応用効きすぎです。

じゃあどうすりゃいいのよ

システムの全貌見えないとなんとも言えないけど、安いBIツール入れれば？って感じですねぱっと見。Excelとか帳票とかそういうアウトプットの形に拘らず、それを使って「何をしたいのか」をきちんと伝えればシステム屋さんもきっとわかってくれると思いますよ。多分。