OSの起動がおかしな状態

新マシンにOSをインストールする際、２台ハードディスクをつないだのだけど、OSを入れたHDDと違うHDDにブートセクタが存在するようで、なんだかめんどくさいことに。ブートセクタがあるHDD交換すると立ち上がらないってことだよね…
インストールDVDから立ち上げてなんかすれば直りそうなんだけど、当面面倒なので放置かなあ…