そもそも通勤定期なるものは慣習上の呼び名である

この辺の話は付け焼刃で書くと鉄の人がアレしてくれそうなのでWikipedia

主に通勤目的のための定期乗車券であるが、購入時に通勤証明書などを提示する必要はなく、誰でも任意の区間で購入することができる。小児用の通勤定期乗車券もあるが、こちらは学習塾や病院に通う際に利用されることがある。

なお、1966年（昭和41年）までは通勤定期乗車券の購入には勤務先の証明が必要で、別に勤務先の証明が不要な普通定期乗車券も存在していた。通勤以外にも使えるのに通勤と名が付くのは、このことによる。

定期乗車券 - Wikipedia

ふむふむ。
定期って会社によって「定期代として」「交通費として」「現物支給」だったりしますが、現物支給というのはある意味では貸与と考えることが出来る。税金上の取り扱いが変わらないかどうかは知らない。で、貸与だとしたら、目的外使用が許されないかもしれないという考え方にはそれなりの説得力がある。プライベートで警察手帳や議員バッジをちらつかせるみたいなものか。もっとも、定期券貸与の目的が明確かどうか。明確でない場合、世間一般的な慣習上の使用方法であれば特に問題ないと考えるのが自然。国家公務員倫理法３条２項でいうところの私的利益にあたるというのはちょっと強弁っぽい。
で、交通費とか定期代って場合は、会社が「その金額でよろしくやってくれ。でも引越しした場合は定期だったら払い戻される金額は返せよ」ってなレベルだと思う。給与明細に支給額として乗っちゃうくらいだからね。経費で相殺されてるけど。